Минерагеническое районирование территории РА базируется на глубинной палеогеодинамике, петрологии рудогенерирующего магматизма с использованием данных сейсмотомографии, тепломассопереноса, геотраверсов о глубинном строении литосферы, мантийно-коровых процессах зарождения и функционирования (эндо- и экзогенных) систем, формационного анализа рудных и нерудных полезных ископаемых, геохимической специализации геологических образований.

Вся территория Республики Алтай располагается в пределах полихронного (ранний кембрий – юра), комплексного Алтае-Кузнецкого редкометалльно-золоторудного пояса. Рудные районы в этом поясе имеют различный состав ведущих полезных ископаемых. Пояс включает совмещённые парагенезы месторождений халько-сидерофильной группы (железо, марганец, медь, золото) и мультиэлементной лито-халькофильной группы (вольфрам, молибден, литий, бериллий, тантал, ниобий, ртуть, кобальт, серебро, свинец, цинк). В составе пояса выделены рудные районы: Талицкий редкометалльно-золоторудный, Ануйско-Песчанский редкометалльно-золоторудный, Бийско-Катунский медно-золоторудный, Уймено-Лебедской медно-золоторудный, Телецко-Башкаусский золоторудный, Коргонский золото-марганец-железорудный, Бельгебашский золото-ртутнорудный, Холзуно-Чуйский (Алахинский) редкометалльный, Калгутино-Юстыдский редкометалльно-сереброрудный.

Минерально-сырьевая база Республики Алтай представлена благородными, черными, цветными и редкими металлами, горнотехническим нерудным сырьем (спекулярит, волластонит, нефрит), горючими полезными ископаемыми (каменный и бурый уголь), а также общераспространенными полезными ископаемыми – строительными материалами и подземными питьевыми водами.

Всего на территории региона учтено порядка 240 проявлений и месторождений твердых полезных ископаемых. Из них государственным балансом запасов полезных ископаемых Российской Федерации учитываются: 33 месторождения золота, в том числе 4 рудных и 29 россыпных; 8 месторождений цветных и редких металлов; одно месторождение железа; 2 месторождения бурого и каменного угля; 3 месторождения пресных подземных вод с объемом добычи более 500 м3/сут.

По степени значимости месторождения полезных ископаемых на территории региона представлены 3 группами:
– минеральное сырье федерального значения: золото, серебро, молибден, вольфрам, кобальт, медь, ртуть, литий, висмут;
– минеральное сырье регионального значения: питьевые подземные воды, облицовочные камни, бурый и каменный уголь;
– минеральное сырье местного значения: строительные материалы (глины, песчано-гравийный материал, песок, камни строительные и др.).

На территории Республики Алтай имеется ряд месторождений различных общераспространенных полезных ископаемых (ОПИ): песчано-гравийные смеси, строительный песок, кирпичные и керамзитовые глины, облицовочные камни, известняк, дресвяный и щебенистый материал и др., которые используются, главным образом, при строительстве и производстве стройматериалов.

Их добыча в последние годы имела тенденцию к возрастанию за счет увеличения объемов домостроительства, строительства новых дорог и реконструкции существующих, особенно в рекреационно-осваиваемых Майминском и Чемальском районах и на федеральной автотрассе Р-256 "Чуйский тракт".