Реки начинаются от ледников, многочисленных озер и болот. Болота и заболоченные территории в отдельных районах республики занимают значительные площади (десятки км2). Самые крупные из них Ыныргинский и Тюгурюкский массивы в Чойском и Усть-Коксинском районах соответственно.
На территории Республики Алтай насчитывается около 7 тысяч озер общей площадью более 600 км2 (более 0,6% территории РА), в которых заключено около 50 кубокилометров воды. Преобладают мелкие каровые озера, основная часть которых расположена на высотах 1500-2600 м. Наибольшее количество озер находится на Чулышманском нагорье, плоскогорье Укок, в осевых зонах Катунского, Южно- и Северо-Чуйского хребтов. Самым крупным в республике является Телецкое озеро (Алтын-Кёль) площадью 227,3 км2, вмещающее более 41 м3 пресной чистой воды.
К характерным для Республики Алтай водным объектам относятся ледники. На территории республики известно около 1035 ледников, которые расположены, в основном, в верхней части бассейна р. Катунь в осевых зонах Катунского, Южно- и Северо-Чуйского хребтов. Общая площадь оледенения составляет 748 км2, а объем льда – 38,3 км3 или 35 м3 воды. В настоящее время площадь ледников заметно сократилась.
Искусственные водные объекты на территории РА представлены прудами и малыми водохранилищами. Пруды, как правило, имеют рекреационное или сельскохозяйственное назначение, либо предназначены для рыборазведения. Ведомственная принадлежность прудов – муниципальные, их владельцами являются землепользователи или частные лица. Водохранилища имеются при малых ГЭС (Кайру, Акалахинская), а также на горнодобывающих предприятиях – рудник "Веселый", старательские артели.
Роль Горного Алтая в формировании экологически чистых поверхностных вод бассейна Верхней Оби трудно переоценить. Достаточно отметить, что 70% среднемноголетнего поверхностного стока, поступающего в Новосибирское водохранилище, формируется на территории Республики Алтай. Суммарный поверхностный сток воды с территории РА в средний по водности год составляет 33,4 км3 и еще около 90 км3 находится в виде многолетних запасов – в ледниках, снежниках и озерах.
Обладая столь значительными запасами воды, республика из этого количества использует менее 1% и передает остальную воду за пределы территории, являясь поставщиком экологически чистой воды для нижележащих регионов. Основными трансграничными реками, пересекающими границу республики с Алтайским краем, являются притоки I порядка р. Оби – реки Катунь, Бия, Песчаная, Ануй, Чарыш, Иша.
Поверхностные водные объекты республики используются, в основном, для обеспечения водой предприятий и населения, частично, для орошения, рекреации, рыболовства, гидроэнергетики, сброса ливневых и сточных вод и др. Из имеющегося значительного энергетического потенциала рек (80-85 млрд. кВт) в РА используется около 0,5 млрд. кВт (малые ГЭС на реках Чемал, Кайру, Тюнь).
Подземные воды. Республика Алтай обладает значительными ресурсами подземных пресных вод, заключенных в трещинных и карстово-трещинных водоносных зонах и водоносных комплексах горных пород различного возраста и состава, а также в артезианских бассейнах мезокайнозойских межгорных впадин – Чуйской, Курайской, Уймонской.
Степень разведанности прогнозных ресурсов в целом невысокая. В настоящее время на территории РА разведано 19 месторождений и участков пресных вод (8 из них на территории г. Горно-Алтайска) с суммарными запасами разных категорий 130,98 тыс. м3/сутки, что составляет 1,8% от прогнозных ресурсов.
Прогнозные эксплуатационные ресурсы пресных подземных вод составляют 7430,8 тыс. м3/сутки (без учета площади заповедников), из которых около половины находится в Усть-Коксинском (30%) и Кош-Агачском (17%) районах. Площадной модуль стока подземных вод РА в среднем составляет 1,2 л/сек∙км2 при вариациях в разрезе муниципальных образований от 0,72 до 2,32 л/сек∙км2.
В 2021 г. эксплуатировались 14 месторождений подземных вод, суммарный водоотбор на которых составил 8,535 тыс. м3/сутки (отчитавшиеся по лицензиям), из них использовалось 6,344 тыс. м3/сутки, потери составили 25,7%.