Водные ресурсы
Поверхностные воды. Республика Алтай богата водными ресурсами, представленными реками, озерами, ледниками, снежниками, болотами и подземными водами. Суммарная протяженность более 12 тыс. больших и малых горных рек на ее территории, по данным Верхне-Обского БВУ, составляет 42277 км. На долю мельчайших (длина менее 10 км) и малых (10-25 км) рек приходится 98,6% от общего числа рек и 78,4% от их суммарной протяженности. К средним рекам (от 100 до 500 км) относятся реки Бия, Лебедь, Чулышман, Башкаус, Кокса, Аргут, Жасатер, Чуя, Урсул, Иша, Песчаная, Ануй, Антроп.
Основные реки на территории Республики Алтай
Большими реками (длина более 500 км) являются Катунь и Чарыш. Катунь и Бия при слиянии формируют одну из величайших рек мира – Обь. Поверхностные водные ресурсы по границе республики составляют 33,4 км3 в средний по водности год.
Реки начинаются от ледников, многочисленных озер и болот. Болота и заболоченные территории в отдельных районах республики занимают значительные площади (десятки км2). Самые крупные из них Ыныргинский и Тюгурюкский массивы в Чойском и Усть-Коксинском районах соответственно.

На территории Республики Алтай насчитывается около 7 тысяч озер общей площадью более 600 км2 (более 0,6% территории РА), в которых заключено около 50 кубокилометров воды. Преобладают мелкие каровые озера, основная часть которых расположена на высотах 1500-2600 м. Наибольшее количество озер находится на Чулышманском нагорье, плоскогорье Укок, в осевых зонах Катунского, Южно- и Северо-Чуйского хребтов. Самым крупным в республике является Телецкое озеро (Алтын-Кёль) площадью 227,3 км2, вмещающее более 41 м3 пресной чистой воды.

К характерным для Республики Алтай водным объектам относятся ледники. На территории республики известно около 1035 ледников, которые расположены, в основном, в верхней части бассейна р. Катунь в осевых зонах Катунского, Южно- и Северо-Чуйского хребтов. Общая площадь оледенения составляет 748 км2, а объем льда – 38,3 км3 или 35 м3 воды. В настоящее время площадь ледников заметно сократилась.

Искусственные водные объекты на территории РА представлены прудами и малыми водохранилищами. Пруды, как правило, имеют рекреационное или сельскохозяйственное назначение, либо предназначены для рыборазведения. Ведомственная принадлежность прудов – муниципальные, их владельцами являются землепользователи или частные лица. Водохранилища имеются при малых ГЭС (Кайру, Акалахинская), а также на горнодобывающих предприятиях – рудник "Веселый", старательские артели.

Роль Горного Алтая в формировании экологически чистых поверхностных вод бассейна Верхней Оби трудно переоценить. Достаточно отметить, что 70% среднемноголетнего поверхностного стока, поступающего в Новосибирское водохранилище, формируется на территории Республики Алтай. Суммарный поверхностный сток воды с территории РА в средний по водности год составляет 33,4 км3 и еще около 90 км3 находится в виде многолетних запасов – в ледниках, снежниках и озерах.

Обладая столь значительными запасами воды, республика из этого количества использует менее 1% и передает остальную воду за пределы территории, являясь поставщиком экологически чистой воды для нижележащих регионов. Основными трансграничными реками, пересекающими границу республики с Алтайским краем, являются притоки I порядка р. Оби – реки Катунь, Бия, Песчаная, Ануй, Чарыш, Иша.

Поверхностные водные объекты республики используются, в основном, для обеспечения водой предприятий и населения, частично, для орошения, рекреации, рыболовства, гидроэнергетики, сброса ливневых и сточных вод и др. Из имеющегося значительного энергетического потенциала рек (80-85 млрд. кВт) в РА используется около 0,5 млрд. кВт (малые ГЭС на реках Чемал, Кайру, Тюнь).

Подземные воды. Республика Алтай обладает значительными ресурсами подземных пресных вод, заключенных в трещинных и карстово-трещинных водоносных зонах и водоносных комплексах горных пород различного возраста и состава, а также в артезианских бассейнах мезокайнозойских межгорных впадин – Чуйской, Курайской, Уймонской.

Степень разведанности прогнозных ресурсов в целом невысокая. В настоящее время на территории РА разведано 19 месторождений и участков пресных вод (8 из них на территории г. Горно-Алтайска) с суммарными запасами разных категорий 130,98 тыс. м3/сутки, что составляет 1,8% от прогнозных ресурсов.

Прогнозные эксплуатационные ресурсы пресных подземных вод составляют 7430,8 тыс. м3/сутки (без учета площади заповедников), из которых около половины находится в Усть-Коксинском (30%) и Кош-Агачском (17%) районах. Площадной модуль стока подземных вод РА в среднем составляет 1,2 л/сек∙км2 при вариациях в разрезе муниципальных образований от 0,72 до 2,32 л/сек∙км2.

В 2021 г. эксплуатировались 14 месторождений подземных вод, суммарный водоотбор на которых составил 8,535 тыс. м3/сутки (отчитавшиеся по лицензиям), из них использовалось 6,344 тыс. м3/сутки, потери составили 25,7%.