Абсолютные высоты территории варьируются от 570 до 2756 м. Рельеф имеет массивно-глыбовый облик с глубоким расчленением в долинах р. Катунь и ее крупных притоков. На территории заказника отчетливо прослеживаются черты древнего оледенения. Снеговая линия в пределах хр. Иолго располагается на высоте 2200 м. Возвышенные гребни с альпийскими чертами относятся к области малого оледенения. В карах и цирках Сумультинского хребта насчитывается 6 ледников общей площадью 0.5 км2, тяготеющих к северным склонам.
Территория заказника характеризуется резко континентальным климатом, смягченным в долине р. Катунь влиянием местных ветров – фенов. Для нее характерны низкие среднегодовые температуры и высококонтрастный тепловой режим на разных высотах, в частности, суровая и снежная зима, сравнительно жаркое короткое лето. Средние температуры января -14-16ºС, июля +18ºС.
Среднегодовое количество осадков в устье рек Кадрин, Бол. и Мал. Сумульта составляет 400-500 мм, на водораздельных хребтах – 700-1000 мм. Продолжительность периода со снежным покровом составляет 140-150 дней в долинах основных рек и до 180-200 дней на высокогорных склонах.
Речная сеть Сумультинского заказника относится к правобережью р. Катунь в ее среднем течении. В ее состав полностью входит бассейн р. Бол. Сумульта – крупного правого притока р. Катунь, а также правобережье другого ее притока – р. Кадрин. В целом гидрографическая сеть на территории заказника хорошо развита.
Все реки имеют быстрое порожистое течение и крутые продольные профили. По характеру водного режима реки относятся к горному типу, отличительной особенностью которого является невысокое, растянутое по времени половодье, повышенный осенний и минимальный зимний сток.
Питание рек преимущественно атмосферное (снеговые воды и дождевые осадки) и, в небольшой степени, за счет грунтовых вод (для крупных рек). Наибольшая доля стока приходится на питание из снежников и сезонного снежного покрова, дождевое питание не превышает 20 %. Зимой большинство рек перемерзает с образованием наледей.
На территории заказника несколько десятков мелких озер площадью менее10 га, преимущественно карового характера, расположенных в водораздельных частях крупных хребтов и их отрогов.
Видовой состав флоры Сумультинского заказника изучен недостаточно. По экспертным оценкам, ее число может достигать 1000 видов. Во флоре выражены бореально-лесные и высокогорные черты. В экологическом плане флора является мезофильной с невысоким содержанием петрофитов. Эндемиков немного, они представлены широко распространенными в провинции видами.
Территория Сумультинского заказника является одним из наиболее богатых в фаунистическом отношении районов Горного Алтая. Здесь представлены как особо охраняемые, так и охотничье-промысловые животные. Всего на территории заказника, по предварительным данным, обитает 50 видов млекопитающих, 100 видов птиц, 5 видов пресмыкающихся, 3 вида земноводных, 10 видов рыб. В целом фауна Сумультинского заказника, в том числе "краснокнижные" виды животных, изучена в недостаточной степени.
В Красную книгу Республики Алтай внесены 6 видов растений и 12 видов животных. Небольшое количество "краснокнижных" видов объясняется, вероятно, недостаточной изученностью территории заказника.
Сумультинский заказник за период своего существования сыграл положительную роль в сохранении целого комплекса охотничьей фауны, особенно копытных, крупных хищников и соболя. Этому способствовали охрана территории и ее относительная труднодоступность.
Шавлинский биологический заказник
Также создан в 1981 году на площади 328881 га (3.5 % от территории республики) как зоологический резерват с режимом охраны охотничье-промысловых животных для увеличения их численности и пополнения смежных охотничьих угодий за счет естественного расселения животных. В 1992 г. он был преобразован в комплексный биологический заказник. В 2000 г. срок его действия был закончен, но в 2002 г. постановлением Правительства РА № 242 госзаказник вновь восстановлен в прежнем статусе и границах.
Заказник находится на территории трех административных районов – Кош-Агачского, Онгудайского, Улаганского. Он расположен в центре наиболее высокогорной части республики. По физико-географическому районированию территория заказника входит в состав Центрально-Алтайской провинции и занимает северо-западную половину Северо-Чуйского, восточную часть Катунского и крайнюю юго-восточную часть Кадринского физико-географических районов.