История организации национального парка «Сайлюгемский» имеет длительную историю. Организовать заповедник на Сайлюгемском хребте для сохранения алтайского архара предлагали Л.В. Сопин [1976, 1977], Б.С. Юдин, Г.Г. Собанский [1984], Г.Г. Собанский [1992, 2005] и другие специалисты.

На хр. Сайлюгем находится крупнейшая на территории России группировка алтайского горного барана или аргали. Летом 2010 года здесь было учтено 448 особей. Всего на территории России обитает 650-700 аргали. В среднем и нижнем течении р. Аргут обитает крупнейшая в Российской Федерации группировка снежного барса, насчитывающая 30-40 особей или четверть от всей его популяции в стране.

В 1990-е годы для сохранения этих флаговых видов проводились работы по проектированию заповедных зон «Юнгур» и «Восточно-Курайский». Предполагалось, что это будут кластерные участки Катунского и Алтайского заповедников. Эти предложения также не нашли поддержки.

В 2001 году Сайлюгемский заповедник был включен в перспективный план организации заповедников и национальных парков на территории России в период до 2010 года, утвержденный Правительством РФ. Во исполнение данного распоряжения в 2010 году и был организован национальный парк «Сайлюгемский».

Организация национального парка вместо заповедника связана с тем, что в границы двух кластеров («Аргут», «Сайлюгем») предусматривалось включение части земель сельхозназначения, что наряду со статусом заповедника вызвало протест со стороны органов местного самоуправления и хозяйствующих субъектов. Местные жители-теленгиты (представители коренного малочисленного народа) опасались, что заповедник будет ограничивать хозяйственную деятельность, прежде всего, выпас скота, являющуюся основой их жизнедеятельности.

В ходе проведения общественных слушаний и консультаций с представителями органов местного самоуправления был найден компромисс, заключающийся в организации национального парка вместо заповедника. Национальный парк в сравнении с заповедником является категорией ООПТ с более гибким природоохранным режимом. Здесь допускается выделение в пределах ООПТ различных функциональных зон, от заповедных до хозяйственных, допускающих ограниченное использование территории с соблюдением природоохранных норм. В то же время природоохранный режим национального парка является вполне достаточным для сохранения биологического разнообразия, включая редкие и исчезающие виды растений и животных. 


Организация национального парка "Сайлюгемский" создает условия для развития трансграничного сотрудничества. В частности, с монгольской стороны хр. Сайлюгем организован национальный парк "Силкхемин Нууру". Таким образом, участки "Сайлюгем" и "Уландрык" непосредственно примыкают к территории монгольской ООПТ, что будет способствовать эффективному сохранению крупнейшей российско-монгольской группировки аргали (550-600 особей). Подписание соглашения между Россией и Монголией о создании единой трансграничной особо охраняемой природной территории "Сайлюгем" должно позитивно сказаться не только на сохранении природной среды, редких и исчезающих видов растений и животных в этой части Алтая, но и на развитии туризма и создании дополнительных рабочих мест.