Заповедник расположен в восточной части республики, занимая территорию между р. Чулышман, оз. Телецкое и осевыми зонами Абаканского и Шапшальского хребтов. Это один из наиболее крупных заповедников России, занимающий разнообразные ландшафты – от таежных низкогорий до альпийских высокогорий, а также значительные акватории горных озер.
Заповедник является одним из немногих уголков планеты, где человеческая деятельность не привела к необратимым изменениям естественных природных экосистем. Алтае-Саянская горная страна, расположенная в центре Евразийского материка, входит в список "Global-200" (Всемирный фонд дикой природы – WWF) – в список девственных или мало изменённых экорегионов мира, в которых сосредоточено 90 % биоразнообразия планеты. 26 мая 2009 года решением 21-ой сессии Международного координационного совета Программы ЮНЕСКО "Человек и биосфера" (МАБ) Алтайский заповедник включен во Всемирную сеть биосферных резерватов.
Общая площадь заповедника составляет 881238 га (по данным Управления Роснедвижимости по РА – 871.3 тыс. га). Из этой площади 95315 га находятся в Турочакском районе и 777552 га – в Улаганском районе.
Территория заповедника захватывает пять физико-географических районов трёх природных провинций. В спектре высотной поясности выделяются практически все природные пояса Горного Алтая: таёжные низкогорья и среднегорья, субальпийские и альпийские луговые среднегорья и высокогорья, тундрово-степные высокогорья, тундровые среднегорья и высокогорья, гляциально-нивальные высокогорья.
Климат основной части территории заповедника резко континентальный, средняя температура июля +17°С, января -25°С. Количество осадков, выпадающих преимущественно в весенне-летний период, варьирует от 900-1000 мм в Прителецкой тайге до 250-300 мм в высокогорной юго-восточной части заповедника.
Самая крупная река Чулышман и более мелкие реки – Чульча, Шавла, Кокши, Кыга – принадлежат бассейну р. Бия. Характерной особенностью ландшафтов заповедной территории является обилие озёр – помимо Телецкого озера насчитывается 2560 средних и мелких озёр, в том числе около 1200 ледникового происхождения. В межгорных котловинах, долинах рек и на выровненных склонах встречаются заболоченные участки.
Около 50 % территории занято высокогорными экосистемами: горными тундрами, альпийскими и субальпийскими лугами, ерниками, гольцами, скалами, осыпями, многолетними снежниками и ледниками.
Территория Алтайского заповедника представляет собой уникальный природный комплекс в центре Азии, сочетающий в себе горную тайгу, альпийские луга, высокогорную тундру и степи – эталон криоаридных высокогорных систем. Разнообразие природных и климатических поясов Алтайского заповедника обусловили исключительно богатый видовой состав флоры и фауны на его территории. По видовому разнообразию сосудистых растений он делит первое-второе место в РФ с Кавказским заповедником (примерно 1500 аборигенных видов сосудистых растений). По разнообразию мохообразных (540 видов) Алтайский заповедник занимает первое место среди заповедников РФ.
На современной территории заповедника отмечено представителей флоры всего – 2051, из них: мохообразные – 550, сосудистые – 1500; низших растений – 1051, из них: водоросли – 668, грибы – 111, лишайники – 272. Значительным разнообразием отличаются папоротникообразные – 36 видов. Из общего количества растений более 250 видов относятся к Алтае-Саянским эндемикам, 120 видов – реликты различных эпох палеоген-неогенового и четвертичного периодов.
За время существования Алтайского заповедника на его территории обнаружено 16 видов рыб, 2 вида амфибий, 6 видов рептилий, 333 вида птиц, 70 видов млекопитающих. В настоящее время фауна млекопитающих Алтайского заповедника насчитывает 70 видов, относящихся к 6 отрядам, 14 семействам, из них: хищных – 15, парнокопытных – 8, грызунов – 24, зайцеобразных – 2, рукокрылых – 8, насекомоядных – 11.
В Красную книгу Международного союза охраны природы (1996) занесены 14 видов птиц, а в Красную книгу России – 32 вида растений, в том числе 7 видов лишайников, 35 видов птиц и 3 вида насекомых.
На территории заповедника находится станция комплексного фонового мониторинга Западно-Сибирского управления Росгидромета. С 2002 г. начала действовать сейсмическая станция "Яйлю", находящаяся в ведении Алтае-Саянской опытно-методической сейсмологической экспедиции СО РАН.
Штат заповедника в последние годы насчитывает 100-120 человек. Имеется три основных отдела: отдел охраны (40-45 инспекторов), научный (8-10 чел.) и эколого-просветительский отделы (8-10 чел.). Также в заповеднике можно выделить отдел обеспечения основной деятельности, куда относятся бухгалтерия, водители, сторожа и др. работники.
С целью охраны территория Алтайского заповедника разделена на 4 участка: Яйлинский, Белинский, Чодринский и Язулинский, имеется 10 кордонов. Также охрана заповедной территории осуществляется бригадным методом охраны угодий. Инспектора отдела охраны обеспечены форменным обмундированием, оружием, радиосвязью. В последние годы на территории заповедника составляется от 60 до 90 протоколов на нарушителей заповедного режима.
С целью сохранения природных комплексов от пожаров в заповеднике создан пункт сосредоточения противопожарного инвентаря, укомплектованным мотопомпами и противопожарным инвентарем. Для оперативного обнаружения очагов возгорания и их тушения заключен договор с Алтайской авиабазой ФГУ "Авиалесоохрана", осуществляющей систематическое патрулирование территории заповедника.
Большая работа проводится сотрудниками научного отдела. Ежегодно подготавливаются очередные тома Летописи природы, издаются 2-3 монографии, публикуется 20-30 научных статей.
На базе Алтайского заповедника в рамках научного сотрудничества проводятся комплексные научные экспедиции сторонних научно-исследовательских организаций. Также на территории заповедника ежегодно проходят практику 50-80 студентов из различных вузов страны.
Общая протяженность 6 эколого-познавательных туристских маршрутов на территории заповедника составляет 42,2 км. Общее число посетителей в последние годы составляет около 30-40 тысяч человек, при этом свыше 95% из них посещают наиболее популярный объект – водопад Корбу.
Эколого-просветительский отдел заповедника активно сотрудничает со СМИ, природоохранными и образовательными организациями. Пресс-центром отдела выпускается около 100 пресс-релизов ежегодно, которые размещаются на 900 сайтах в сети Интернет. В последние годы заповедником проводится работа по формированию сети визит-центров и визит-пунктов Алтайского заповедника. В 2011 году работало 4 визит-пункта. Алтайский заповедник является координатором акции «Марш Парков» и других природоохранных акций в Республике Алтай.